Podłoże spełnia dwa zadania: dostarcza roślinie wody i składników odżywczych. W zależności od gatunku rośliny te dwie funkcje muszą spelniać parametry charakterystyczne dla tego właśnie gatunku.

W sklepach można kupić ziemię do bonsai jednak trzeba pamiętać, że różne gatunki roślin mają różne wymagania więc takie uniwersalne podłoże może okazać się niezbyt dobrym rozwiązaniem.

Zapewnienie odpowiedniej gospodarki wodnej w niewielkiej donicy jest niezmiernie trudne. Poza nielicznymi rodzajami roślin podłoże powinno być stale wilgotne, ale korzenie nie powinny stać w wodzie, aby nie zgniły. Utrzymanie delikatnej równowagi wymaga ciągłego monitoringu. W przypadku delikatnych roślin nawet niewielkie przesuszenie może się skończyć śmiercią drzewka. 

Są drzewka jak np. sosny które w naturze rosną na słabych glebach, wytrzymują krótkotrwałe przesuszenia i wymagają słabszego podlewania. Są także rośliny rosnące w naturze przy zbiornikach wodnych np. wierzby i wymagają dużej wilgotności, a nie znoszą przesuszania.

Należy także pamiętać o odpowiednim pH mieszanki. Większość roślin liściastych preferuje gleby o neutralnym pH, a drzewka iglaste lekko zakwaszone. Natomiast azalie, rododendrony muszą mieć ziemię kwaśną i są wrażliwe na podlewanie wodą z dużą zawartościa wapnia, który odkwasza podłoże.

Dlatego warto przed przesadzeniem drzewka poznać indywidualne wymagania danego gatunku rośliny. 

Mieszanka podłoża powinna zapewniać dobrą przepuszczalność tak aby nadmiar wody łatwo się odsączał, a do korzeni dochodziło powietrze zapobiegając gniciu. Jednocześnie powinna zawierać elementy magazynujące wodę  oddające powoli wilgoć.

Bardzo dobrym rozwiązaniem jest akadama i inne podłoża produkcji japońskiej. Są to granulaty z wypalanej glinki o różnym składzie dopasowanym do wymagań różnych gatunków roślin. Forma granulatu nadaje podłożu bardzo wysoką przepuszczalność i lekkość. Glinka namaka po podlaniu magazynując wodę dzięki czemu dłużej utrzymuje wilgoć. Glinka rozkłada się z czasem oddając roślinom składniki mineralne.

Oczywiście podłoże można także przygotować samemu stosując ogólnodostępne materiały: torf, ziemię, piasek, żwir, perlit. Piasek, żwir i perlit o rożnej wielkości ziaren zapewniają odpowiednią przepuszczalność gleby. Ziemia i torf są źródłem składników odżywczych.

Skład mieszanek usystematyzował mistrz sztuki bonsai John Yoshio Naka:

Liczby oznaczają części mieszanki przypadające na dany składnik

Składniki: Z - ziemia, T - torf,  wypełnienie - piasek, żwir, perlit - G - wypełnienie grube średnica od 3 do 6mm, Ś - średnie od 1,5 do 3mm, D -  drobne do 1,5mm.